Error：
GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止
执行命令：
nohup time ./gatk --java-options "-Xmx16G" BaseRecalibratorSpark -R
../../alignment/hg38/hg38.fa -I ../../alignment/bam/P368T.sorted.markdup.bam
--known-sites ./bundle/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz
--known-sites ./bundle/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz
--known-sites ./bundle/dbsnp_138.hg38.vcf.gz
-O ../../alignment/bam/P368T.sorted.markdup.recal_data.table
> ../../alignment/log/P368T_BQSR.log 2>&1 &
日志信息：
错误分析：
GATK 集成的Spark运行过程中会打开多个文件，而我使用的服务器版RStudio的Terminal限制了打开的文件数量最多为4096
可以通过命令 ulimit -n 查看当前用户能打开的最多文件数量。文章来源：https://www.toymoban.com/news/detail-636938.html
解决方法：
我使用的服务器给每个用户分配的最多打开文件数量是409600，会出现too many open files是因为RStudio的Terminal限制，所以直接使用ssh连接服务器执行命令既可以解决问题。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-636938.html
到了这里，关于GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容，请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章，希望大家以后多多支持TOY模板网！
